Первый из шести YC-97, ставший последним самолетом фирмы «Boeing» с двигателями Wright, поднялся в воздух 11 марта 1947 года. Эти машины совершили буквально переворот в авиаперевозках, совершая полеты по маршруту Авиационного транспортного командования на Гавайи.

Позже командование было переименовано в Военную авиационную транспортную службу — Military Air Transport Service (MATS). А в 1948 году первый YC-97A принял участие в известном Берлинском воздушном мосту — самолет по 9—12 часов в сутки находился в воздухе. В 1948 году только что созданные ВВС США заказали 27 самолетов С-97, а затем увеличили заказ до 50. Первые серийные Stratofreighter оснащались воздуш­ными винтами марки Hamilton Standard и визуально отличались небольшим «наростом» в носовой части фюзеляжа — обтекателем антенны метеорадара APS-42.

После начала войны в Корее в 1950 году заказы на SC-97 значительно увеличились, а компания, учитывая контракты по В-47 и В-52, едва успевала справляться с работой. В результате производство С-97 и Stratocruiser перенесли на завод в Рентоне. В те годы Стратегическое авиационное командование (САК) ВВС США остро нуждалось в большом количестве танкеров для дозаправки стратегических бомбардировщиков в полете. Поэтому «Boeing» провела цикл испытаний, установив на трех КС-97А систему дозаправки в воздухе «Flying Воот» собственной разработки, а затем приступила к выпуску серийных самолетов-заправщиков КС-97Е, KC-97F и KG-97G, передав заказчику 592 ма­шины (всего же было выпущено 888 «военных» С-97, последний покинул завод 18 июля 1956 года).

Первые воздушные танкеры брали на борт 26 498 л топлива, но на самолетах варианта КС-97Е установили дополнительные баки на главной палубе, после чего емкость топливной системы возросла до 56 750 л — практически большую часть топлива можно было передать на заправляемые машины. Управлял процессом передачи топ­лива оператор, располагавшийся лежа в задней части фюзеляжа.