Компания «Atlas» эксплуатирует часть своего парка от имени других авиакомпаний и в их цветах, включая «China Airlines Сагдо» и «Emirates SkyCargo». Для увеличения количества своих Boeing 747-400 и замены ими устаревших самолетов компания «Atlas» заказала 12 машин 747-8F в сентябре 2006 года.

16 августа 2005 года грузовая авиакомпания «UPS» заказала восемь новых грузовых лайнеров версии 400, 28 июня 2007 года получила первый из них, а 26 января 2009 года — последний. Самолеты летают сегодня более чем в 100 пунктов назначения почти в 50 странах.

К северу от США лайнеры 747-400 летают в компаниях «Air Canada» и «Canadian Airlines International». В декабре 1999 года вторая компания влилась в первую. «Canadian», в ту пору второй по величине авиаперевозчик в стране, получила первый из четырех 747-475 с двигателями General Electric CF6 в декабре 1990 года, а последний — в апреле 1995 года. В компании «Air Canada» самолеты Boeing 747-400 Combi, оснащенные двигателями PW4056, эксплуатировались с июня 1991 года. Три лайнера получили в июне, июле и августе 1991 года. Последний рейс 747-400 в «Air Canada» совершил 31 октября 2004 года из Торонто во Франкфурт. На смену им пришли Airbus А340.

В дополнение к заново построенным самолетам несколько других региональных авиакомпаний используют бывшие в употреб­лении либо арендованные машины. Например, в составе регулярного и чартерного грузопе-ревозчика «Kalitta Air» летают два переделанных грузовых 747-4Н6, единственные самолеты 747 с двигателями General Electric в ее парке. Компания «Evergreen International» заказала три 747-400BCF в 2007 году (поставки с лета 2009 года), к тому же «Boeing» выбрала компанию в качестве эксплуатанта всех четырех грузовых Boeing 747-409F Dreamlifter. Однако контракт на Dreamlifter должен был быть передан компании «Atlas» в сентябре 2010 года в счет компенсации от компании «Boeing» за задержку поставок машин версии 747-8F.