Для обороны от многочисленных и хорошо вооруженных дальних истребителей Люфтваффе противолодочные машины в 1943 году начали вооружать подвижными пулеметными установками, но авиапушки немецких истребителей превосходили по дальности и огневой мощи пулеметы Sunderland.

К этому времени фирма «Short» стала устанавливать один либо два более мощных 12,7-мм пулемета Browning в люках вверху хвостовой части за задней кромкой крыла. Постепенно число пулеметов на Sunderland возросло с исходных пяти до 18 — максимальное количество «стволов», которым когда-либо воору­жался британский самолет.

В конце 1942 года из-за серьезной нехватки самолетов в национальной гражданской авиакомпании ВОАС шесть лодок Sunderland Mk III со снятым вооружением пришлось перевести на регулярные рейсы BOAC/RAF в Лагос (Западная Африка) и Калькутту (Индия). В результате демонтажа вооружения и доработки силовой установки крейсерская скорость машины возросла почти на 40%. В каждом гражданском Sunder­land оборудовали места для семи пассажиров и грузовой отсек для почты. Постепенно в компанию ВОАС стали поступать лодки класса Hythe с комфортным салоном для 24 пассажиров (включая 16 спальных мест) и для 2950 кг почты. Моторы доработали до стандарта Pegasus 38 (позднее — Pegasus 48).

К 1944 году количество транспортно-пассажирских Sunderland Mk III выросло до 24 машин. После войны к 29 лодкам класса Hythe присоединились заново построенные гражданские машины S.26 Sandringham, пошедшие в серию в виде основного транспортного самолета для компании ВОАС (класса Plymouth) и ее авиалиний. Необходимость в повышении энерговооруженности летающих лодок привела в начале 1944 года к решению установить на Sunderland Mk III американские двигатели Pratt & Whitney R-1830-9OB Twin Wasp, подобные моторам самолетов Catalina и Dakota, получаемых англичанами по лендлизу. С установкой 14-цилиндровых моторов повысились скорость и скороподъ­емность, однако дальность полета не возросла. Машина с американскими двигателями имела больше преимуществ, могла спокойно продолжать полет даже с двумя неработающими моторами. Обычный Sunderland Mk III в этом состоянии неизбежно терял высоту.

После испытаний в марте 1944 года версию Twin Wasp Sunderland с воздушными винтами de Havilland Hydromatic запустили в серийное производство под обозначением Mk V. Обычно на нее ставили РЛС ASV Mk III. В течение 1944 года заводы в Рочестере, Бел­фасте и Дамбартоне перешли на выпуск Mk V, построив 47,48 и 60 таких лодок. Эта версия поступила в 228-ю эскадрилью в феврале 1945 года. Еще 33 экземпляра переделали из Mk ША. В августе 1945 года большие контракты были отменены, а последний Sunderland покинул завод в Белфасте в июне 1946 года.