Шасси: трехопорное, полностью убираемое, с носовой опорой. Носовая опора двухколесная, основные - одноколесные. Все колеса оборудованы тормозами. Передняя стойка - управляемая.

Силовая установка: состоит из двух установленных в хвостовой части фюзеляжа ТРДФ Р-1 5. Двигатели развернуты на 13° относительно продольных осей. С целью уменьшения поперечного сечения самолета расстояние между осями двигателей сделано меньше диаметра сопла. Сопла развернуты в вертикальной плоскости вверх на угол 2°30', в горизонтальной - на угол 1°46' от продольной оси самолета. Термостабильное топливо Т-6 размещается в шести фюзеляжных и четырех крыльевых баках; запас топлива при полной заправке составляет 14 570 кг.

БРЭО: на МиГ-25П установлена РЛС «Смерч-А» (на МиГ-25ПД/ПДСустановлены РЛС «Сапфир-25» и теплопеленгатор TLU-26), разработанная на основе РЛС РП-С дальнего перехватчика Ту-128; дальность обнаружения цели типа бомбардировщик - порядка 100 км, дальность сопровождения цели в автоматическом режиме - 50 км. На перехватчике устанавливалась автоматизированная система наведения «Лазурь», которая позволяет выполнять перехват воздушной цели в автоматическом или полуавтоматическом режиме по командам с наземного КП с использованием АСУ «Воздух-1».

В состав общесамолетного бортового оборудования входят система автоматизированного управления полетом САУ-155П, система автоматического и ручного управления воздухозаборником СРВМ-2, система госопознавания СРО-2М/СРЗМ-2, речевой информатор РИ-65, магнитофон МС-61 «Лира». Навигационное оборудование включает радиосистему ближней навигации РСБН-6, радиовысотомер малых высот (диапазон от 0 до 600 м) РВ-УМ или РВ-4, радиокомпас АРК-10, маркерный радиоприемник МРК-56П, автоматизированную систему «Полет», объединяющую систему инструментальной посадки по приборам СП-50 и систему воздушных сигналов, курсовертикаль.

В состав радиосвязного оборудования входят УКВ радиостанция Р-832М «Эвкалипт», радиостанция KB диапазоне Р-847 «При­зма». Самолет оснащен системой предупреждения о радиолокационном облучении «Сирена-3», антенны которой обеспечивают круговой обзор.

Вооружение: состоит из четырех ракет «воздух - воздух» Р-40 - обычно подвешивались две ракеты Р-40Т с тепловыми головками самонаведения и две Р-40Р с радиолокационными ГСН. На МиГ-25ПД/ПДС также возможно ис­пользование УР «воздух - воздух» малой дальности - Р-60 и Р-60М. В кабине установлено катапультное кресло KM-1, обеспечивающее спасение летчика при нулевой высоте и скорости не менее 130 км/ч.