Хотя к началу Второй мировой войны Ju 86 вывели из состава бомбардировочных частей Люфтваффе, они приняли участие в конфликте в качестве высотных бомбардировщиков и разведчиков. «Junkers» продолжала разработку дизельных двигателей даже после того, как их признали непри­годными для использования на бомбардировщиках.

В результате появился высотный двигатель Jumo 207, снабженный двумя центробежными нагнетателями. В сентябре 1939 года германское Министерство авиации заказало три прототипа высотного варианта Ju 86 с этой силовой установкой.

На больших высотах

В январе 1941 года испытательное высотное подразделение получило эти самолеты. Примерно в это же время начались полеты над приграничными районами СССР, а с августа стали наносить бомбовые удары по Британии. В январе 1942 года несколько Ju 86Р-2 передали базировавшемуся на Крите разведывательному подразделению.

Ju 86 оставались неуязвимыми для перехвата до августа 1942 года, когда специально облегченный Spitfire Mk V сбил Ju 86Р на высоте 12800 м неподалеку от Каира. Немцы установили пулемет MG 17 для защиты задней полусферы, но еще два Ju 86Р стали жертвой Spitfire. В августе 1943 года прекратила эксплуатацию Ju 86. Но над Британией полеты Ju 86Р продолжались, став настоящей занозой для Истребительного командования, пытавшегося воспрепятствовать им.

Наскоро доработанный Spitfire Mk VI, оснащенный гермокабиной и крылом увеличенного размаха, находился в готовности к перехвату налетчиков. Но, несмотря на несколько попыток, успех не был достигнут. Один раз Spitfire ушел в сваливание, пытаясь открыть огонь по идущему с превышением противнику, а в другом случае Ju 86Р, стремясь избежать атаки, спикировал с 12200 м до 150 м. Последний из 12 бомбардировочных рейдов на Британию был совершен 9 сентября 1942 года.