Чтобы улучшить характеристики Ju 88, фирма «Junkers» разработала вариант Ju 88S. За первым прототипом, взлетевшим в конце 1942 года и отличавшимся обтекаемыми обводами остекления носовой части и радиальными двигателями BMW 801, последовала малая серия аналогичных ему S-0. 

В конце 1943 года появился первый Ju 88S-1 с двигателями BMW 801G с системой впрыска закиси азота. Подфюзеляжная гондола была ликвидирована, вооружение сократили до одного 13-мм пулемета MG 131, а экипаж состоял из трех человек. Машина, имевшая максимальную скорость 610 км/ч, поступила на вооружение.

Следующими вариантами были Ju 88S-2 с двигателями BMW 801TJ, оснащенными турбокомпрессорами и деревянной подфюзеляжной гондолой, и Ju 88S-3, имевший конструкцию, аналогичную S-1, но оснащенный двигателями Jumo 213. Небольшое число этих самолетов построили в 1944 году, прежде чем программа была закрыта.