Бомбардировщик Junkers Ju 86A имел экипаж из четырех человек, а его боевая нагрузка состояла из восьми бомб SC100. Вскоре на смену им пришли Ju 86D-1, у которых за счет доработки хвостового оперения улучшили устойчивость. Многие государства приобрели бомбардировщики Ju 86, преимущественно в варианте с радиальными двигателями.

Люфтваффе были не слишком довольны своими Ju 86А и D, по большинству характеристик уступавшими Не 11 IB. «Junkers» получила заказ на оснащение бомбардировщиков радиальными двигателями BMW 132F — эта машина получила обозначение Ju 86Е-1. Поставки новой модификации, значительно превосходившей машины с дизелями, начались летом 1937 года. На модификации Ju 86Е-2 установили более мощный двигатель BMW 132N.

Еще одним недостатком бомбардировщика считался отвратительный обзор у пилота при рулежке и взлете, пока хвостовое колесо не отрывалось от земли. Поэтому «Junkers» разработала новую носовую часть со смещенной вперед кабиной и остеклением большой площади. Так появился Ju 86G-1, поставки которого начались в 1938 году. В общей сложности построили 390 машин всех модификаций.

Уже в 1939 году Ju 86 начали снимать с вооружения боевых подразделений. Ju 86А и D с дизельными двигателями списали, a Ju 86Е и G с моторами BMW передали в бомбардировочные школы.