Они ограниченно использовались во Вьетнаме, нанося удары по американским и сайгонским войскам в приграничных районах Северного и Южного Вьетнама.

Во время «Карибского кризиса» 1963 г. на Кубу было направлено 42 бомбардировщика-торпедоносца Ил-28 с советскими экипажами (самолеты были доставлены на кораблях в разобранном виде). Предполагалось, что в случае американского вторжения на остров «Илы» будут действовать по американским кораблям торпедами, осуществлять воздушную разведку и патрулирование прибрежных вод, а также наносить бомбовые удары (в том числе и ядерные) по десанту (для этого на Кубу успели завести шесть тактических атомных бомб). С воздуха Ил-28 должны были прикрываться истребителями МиГ-21Ф-13.

Бомбардировщики были развернуты на двух аэродромах на западной и восточной оконечностях острова. Кубинский кризис был разрешен мирными методами, без использования силы. Однако Ил-28, размещенные на острове, чуть не стали «камнем преткновения», сильно затруднившим окончание советско-американских переговоров. США, вынужденные принять на себя обязательство не предпринимать вторжения на Кубу, в ответ на это требовали удаления с острова советского «наступательного оружия». Первоначально подразумевалось, что это будут лишь ракеты, но уже в ходе переговоров американцы «вспомнили» об Ил-28 и ракетных катерах с УР П-15. Казалось, переговоры зашли в тупик, но 19 ноября 1963 г. удалось достичь компромисса: бомбардировщики выводились, а ракетные катера оставались на Кубе.

Опытный Ил-28Ш успешно использовался в одном из пограничных конфликтов с Китаем в начале 1970-х годов. Последним вооруженным конфликтом, в котором применялись самолеты Ил-28, была война в Афганистане (бомбардировщики находились на вооружении афганских ВВС). В январе 1965 г. на аэродроме в Шинданде моджахедам удалось уничтожить на земле практически целый полк Ил-28.